90-шы жылдардан бастау алады. Осы кезеңде облыста тұрғындар санының жедел қарқынмен өсуіне байланысты жалпы білім беретін мектептер мен арнаулы орта оқу орындары кеңінен ашыла бастады.
1993 жылы жаңадан құрылған оқу орындарына педагог кадрларды дайындау мақсатында Білім министрінің бұйрығымен Атырау университетінің Ақтау филиалы ашылды.
1996 жылы филиал Ақтау политехникалық институтымен қатар Ш. Есенов атындағы Ақтау мемлекеттік университетінің негізін қалады.
2025-2026 оқу жылынан бастап университет ректорының бұйрығымен жаңа құрылымда қызметін бастайды
